پدر شیخ صدوق به خدمت نايب خاصّ حضرت ولى عصر عجل الله فرجه نامه اى نوشت و تقاضا كرد امام زمان دعا كند تا خداوند فرزندى به او عنايت فرمايد. و هنگامى كه خودش به بغداد آمد شفاها تقاضای خود را خدمت سفيران حضرت بیان کرد و از آنها خواست تا خواسته اش را به خدمت حضرت بیان کنند ، آنها نیز قبول کردند.
حضرت نیز در نامه هایی که در جواب تقاضای او نوشتند به او گفتند:
تو از همسر قبلى فرزندى نخواهی داشت ولى در آينده مالك كنيزى از اهل ديلم مي شوى كه دو فرزند فقيه از او به دنیا خواهد آمد.
و در بعض روایات ديگر آمده كه: ما درباره تقاضاى تو دعا كرديم و به همين زودى دو پسر نيكو روزى تو خواهد شد.
و در بعضى روایات دیگر آمده كه براى او فرزند مباركى متولد خواهد شد كه خداوند بدين وسيله به او نفع خواهد رسانيد و پس از او نيز فرزندان ديگر متولد خواهد شد.
و به اين ترتیب پدر صدوق به آرزوى ديرين خود رسید و خداوند فرزندانى به او عنايت فرمود. اوّلين فرزندش از همان كنيزى بود كه امام عليه السّلام به او وعده داده بود نام او را محمد گذاشتند؛ و شايد انتخاب نام محمد براى اوّلين فرزندش به خاطر این بود كه او به بركت دعاى امام عصر علیه السلام متولد شده بود.
تاريخ تولد او را سال ۳۰۵ یا ۳۰۶ ه.ق گفته اند. از طرفی این طور می توان گفت، همان طور كه تولد شيخ صدوق به بركت دعاى امام عليه السّلام بود يقينا دعاى آن حضرت در نوع شخصيّت و مقامات روحى و معنوى او نيز تأثير بسزائى داشته است و لذا بيشتر افرادى كه به امتيازات روحى شيخ آشنا بودند همه ی آن امتيازات را در اثر دعاى معصوم مي دانستند.
ابن سورة مي گويد : هر وقت دو فرزند على بن الحسين چيزى را روايت می کردند، مردم از حافظه ی آنان شگفت زده مي شدند و خطاب به آنان می گفتند: اين امتياز مخصوص شما دو نفر است و از بركت دعائى است كه امام عليه السّلام درباره شما فرموده و اين مطلب زبانزد همه مردم قم بود.
شيخ صدوق خود می گويد: ابو جعفر محمد بن الاسود كه مي ديد من به مجلس محمد بن الحسن بن احمد بن الوليد رفت و آمد دارم و علاقه ی فراوانى به كتابهاى علمی و حفظ مطالب علمى دارم مكرّر به من مي گفت: علاقه تو به آموختن دانش عجيب نيست چون تو به دعاى امام عجل اللَّه فرجه متولّد شده اى.
شيخ صدوق خود نيز به اين قضیه افتخار مي كرد و مي گفت من به دعاى حضرت صاحب الامر متولّد شده ام.
و ابو العباس بن نوح گويد ابن سورة به من گفت:
ابى الحسن بن بابويه سه فرزند دارد دو تن به نام محمّد و حسين كه هر دو فقيه اند و در حفظیات ، مهارت كامل دارند آنچنان كه هيچ كس از اهل قم چنین حافظه ای ندارد و برادر سوّم كه حسن نام دارد دانش و فقهى ندارد ولى به عبادت و زهد مشغول است و رفت و آمدی با مردم ندارد.