بناي این مسجد در جمکران، بنا به دستور خاصّ حضرت مهدي صلوات اللَّه علیه در بیداري صورت گرفته ‏است.

شیخ حسن بن مثله جمکرانی قضیه ساخت مسجد جمکران را اینگونه تعریف می کند:

در شب سه شنبه ۱۷ رمضان سال ( ۳۹۳ ) هجري قمري در منزلم خوابیده‏ بودم؛ در نیمه های شب گروهی بر درب منزلم آمده، بیدارم نمودند و گفتند: برخیز و (حضرت) صاحب الزمان صلوات اللَّه ‏علیه را پاسخ گو که تو را فرا می‏خواند.

بلند شدم و لباس خود را پوشیدم. دنبال کلید می گشتم که ندایی گفت درب باز است.

هنگامی که به سوي درب آمدم، گروهی از بزرگان را دیدم، به آنها سلام کردم. پاسخم را دادند و به من خوش آمد گفتند و مرا به مکانی بردند که جایگاه فعلی مسجد است؛ در آنجا تختی بود که فرش‏هایی زیبا روی ان انداخته بودند و پشتی‏هاي زیبایی در آنجا قرار داشت و جوانی در حدود سی ساله تکیه بر آن کرده‏ بود .پیرمردي در حضورش بود و کتابی در دست داشت که براي او می‏خواند و در اطراف او بیش از ۶۰ مرد بودند که در آن مکان نماز می‏گزاردند. بعضی ها لباس سفید به تن داشتند و بعضی لباس سبز. آن پیرمرد، خضر پیامبر بود؛ مرا نشاند، و آنگاه امام علیه‏السلام مرا به اسم صدا زده و فرمود:

نزد حسن بن مسلم برو، و به او بگو: تو، سال‏هاست که این زمین را (غاصبانه) آباد کرده و در آن زراعت می‏کنی، و ما آن‏را خراب می‏ کنیم، پنج سال است که در آن کشت و زرع کرده ‏اي؛ امسال هم همان گونه مشغول هستی؛ ولی دیگر اجازه نداري به این زمین باز گردي و باید منافعی را که از کشت و زرع این زمین برده ‏اي، بپردازي تا در آن‏جا مسجد بنا گردد.

و نیز به او بگو: این زمین محترم و با ارزشی است که خداوند آن‏را از میان دیگر مکان‏ها برگزیده ‏است و بر آن‏ها برتري و شرافت داده ‏است؛ و تو آن‏را بر زمین‏ هاي خودت افزوده ‏اي؛ در سزاي این عمل، خداوند دو فرزند جوانت را به مرگ گرفتار نمود، ولی تو از این غفلت، آگاه نشدي. اگر این دستوري را که دادم اجرا نکنی، عذاب الهی از جایی که نمی‏فهمی به سراغت خواهد آمد.

جناب حسن بن مثله می‏گوید: گفتم: مولاي من؛ باید نشانه و علامتی داشته باشم؛ زیرا مردم آن‏چه را که بدون نشانه و دلیل باشد نمی‏پذیرند و گفتار مرا تصدیق نخواهند کرد.

حضرت فرمود: ما در آن‏جا این کار را خواهیم کرد، تو برو و پیغام ما را برسان؛ و نزد سیّد ابی ‏الحسن نیز برو و به او بگو بیاید و محدوده زمین را معیّن نموده، منافع سال‏هاي گذشته را از حسن بن مسلم بگیرد و به مردم بدهد، تا مسجد را بنا نمایند. آن‏چه از هزینه ساخت مسجد، کم می ‏آید از غلّه زمینی که در رهَقِ اردهال داریم، کامل کند و مسجد را تمام نماید؛ ما نصف رهَق را براي این مسجد وقف نمودیم تا هر سال غلّه آن‏را گرفته و براي عمارت مسجد صرف نماید.

به مردم بگو: بدین مکان رغبت نمایند و با اشتیاق به آن روي آورند و آن را عزیز و گرامی بدارند و در آن‏جا چهار رکعت نماز به جاي آورند.

اینک بعضی از نکاتی که دانستن آن براي افرادي که به آن مکان مقدس شرفیاب می ‏شوند را بیان می‏کنیم:

۱_ امام زمان علیه السلام توسّط حسن بن مثله جمکرانی به سیّد ابوالحسن‏ الرضا فرمان دادند آن مسجد مقدّس را بنا کنند. و این جریان در تمام منابع به عنوان بیداري نقل شده است نه خواب.

۲_ صدها سال قبل از فرمان حضرت بقیّه اللَّه ارواحنا فداه به بنا کردن مسجد، حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام از وقوع آن خبر داده ‏اند. این روایت در کتاب “انوار المشعشعین : ۱/۴۵۴” ذکر شده ‏است. در آن روایت شریف در بیان عظمت مسجد مقدّس جمکران، سرّي را بیان کرده ‏اند که همه تاب تحمّل و پذیرش آن ‏را ندارند.

۳_ مسجد مقدّس جمکران در عصر ظهور امام عصر ارواحنا فداه بزرگترین پایگاه قدرت آن حضرت پس از کوفه است و حضرت امیرالمؤمنین علیه‏السلام در آن روایت فرموده ‏اند : در عصر ظهور، پرچم لشکریان امام عصر (ارواحنا فداه) بر فراز کوه سفید – که همان کوه خضر در نزدیکی مسجد است- به اهتزاز در می‏ آید.

۴_ نکته بسیار مهمّی که باید به آن توجّه داشت این است که نه تنها مسجد مقدّس جمکران در عصر ظهور امام عصر ارواحنا فداه عظمت و موقعیّت خاصّی دارد بلکه در زمان غیبت آن حضرت نیز این چنین است. امام زمان علیه السلام فرموده ‏اند: “هر کس این نماز را در این مکان بخواند گویا که در داخل خانه ‏ی خدا آن‏را انجام داده.”

۵- افرادي که به آن مکان مقدّس مشرّف می ‏شوند باید بدانند در جایی بسیار با عظمت گام برمی‏دارند که مورد توجّه امام عصر ارواحنا فداه می ‏باشد و آنان در محضر نورانی آن بزرگوار هستند به گونه ‏اي که گویی در منزل آن حضرت وارد شده ‏اند. بنابراین باید شرایط حضور را در این مکان بیش از اماکن دیگر رعایت کنند و بدانند که حضرت از افکار و اندیشه‏ ها و نیّت ‏هاي ایشان نیز باخبرند پس باید شرایط ادب و حضور را از قبل از تشرّف بیشتر رعایت کنند.

۶_ یکی از شرایط ادب، این است که هدف خود را از تشرّف به آن مسجد مقدّس مشخّص نموده و عالی‏ترین هدف را براي خود برگزیند و خود را پاي‏بند مقاصد کوچک و مسائل مادّي و نفسانی نسازد‏، و بداند بزرگ‏ترین مسأله در این عصر، تعجیل ظهور امام زمان ارواحنا فداه می ‏باشد زیرا در عصر ظهور آن حضرت، مشکلات مادّي و معنوي همه انسان‏ها برطرف می‏شود و دیگر غم به خانه ‏اي راه نخواهد یافت. پس چه بهتر که براي نجات همه انسان ها از گرفتاري‏ ها و مشکلات دعا کند و هدف اصلی خود را از تشرّف به مسجد مقدّس جمکران، استغاثه و دعا براي امام عصر ارواحنا فداه و تعجیل فرج و ظهور آن بزرگوار قرار دهد.